En el Laboratorio de Aerobiología se realiza el análisis microbiológico de las muestras tomadas en los ambientes intramuros y/o extramuros, que incluyen muestras de aeropartículas viables y no viables, polvo suspendido y depositado, agua, sedimento y vegetales. Para la evaluación cuantitativa y cualitativa de los microorganismos se emplean diferentes técnicas microbiológicas, dependiendo del tipo de microorganismo en estudio, que implican una caracterización fenotípica (macroscópica y microscópica, identificación bioquímica, resistencia a antibióticos) y genotípica (identificación por medio del 16Sr y presencia de genes de virulencia).