Una de las fortalezas del Centro de Ciencias de la Atmósfera (CCA) es su carácter multidisciplinario, entre las investigaciones que se desarrollan, es  importante destacar las que se llevan a cabo sobre la calidad microbiológica del aire en el Grupo de Aerobiología, para determinar cuando estas partículas son un riesgo para la salud de los ecosistemas incluyendo al ser humano, cuyos estudios han sido pioneros en México y sus contribuciones son de gran relevancia para las ciencias atmosféricas. Asimismo, debido al alcance de  conocer el efecto de los contaminantes atmosféricos sobre el material genético, el Grupo de Genotoxicología y Mutagénesis Ambientales, ha estado analizando el daño producido por los mismos, utilizando biomarcadores en diversos sistemas biológicos de prueba, así como en poblaciones ocupacionalmente expuestas. Estos estudios han logrado el reconocimiento tanto a nivel nacional como internacional, siendo una línea de investigación que le ha dado trascendencia al CCA, por el impacto de los resultados obtenidos y contribuyendo de manera relevante a la comprensión del comportamiento de los contaminantes en las diferentes épocas del año. También se están realizando, de manera sobresaliente, ensayos in vivo e in vitro a nivel toxicológico para la evaluación de diversos agentes químicos que contaminan el aire. De igual manera, es necesario mencionar los trabajos sobre el monitoreo de bioaerosoles atmosféricos, así como de la determinación de su composición biológica mediante el análisis metagenómico y de su distribución espacio-temporal, transporte, impactos y propuestas para su reducción y control. Además, se ha creado de manera exitosa y precursora, la Red Mexicana de Aerobiología (REMA), la cual se encarga del monitoreo continuo de polen y de proporcionar alertas polínicas a través de la página del CCA y redes sociales, para que la población pueda estimar las condiciones de riesgo ambiental por exposición tanto química como biológica del aire de la Ciudad de México. La REMA también se ha expandido a diversos estados de la República Mexicana. Por otra parte, dada la importancia de la identificación de compuestos orgánicos presentes en la atmósfera de la Ciudad de México y del área metropolitana, ha sido sumamente valiosa la participación de Laboratorio de Especiación Química de Aerosoles Orgánicos Atmosféricos, por la caracterización molecular de las especies que conforman los aerosoles orgánicos primarios y secundarios, así como por los estudios de la variación espacio-temporal, de las interacciones atmosféricas, del comportamiento y de las fuentes de emisión de los aerosoles orgánicos, a través de la implementación de nuevas tecnologías para la determinación de compuestos orgánicos en muestras ambientales, bajo el protocolo de la química analítica verde.